Wysiedleni 1 sierpnia 1944 r. mieszkańcy Zakładu w Strudze ukrywali się przez kilka dni w budynku warszawskiego Seminarium Duchownego. 8 sierpnia 1944 r. wieczorem żołnierze Pułku Specjalnego SS „Dirlewanger” – niemieccy kryminaliści, którym obiecano ułaskawienia za służbę na rzecz III Rzeszy rozpoczęli ewakuację miejscowej ludności, również uchodźców skoszarowanych w Seminarium. Ok. godz. 22.00 grupa wychowawców i wychowanków Zakładu została przeprowadzona do Ogrodu Saskiego. Tam rozstrzelano m.in. ks. Andrzeja Płoszaja i ks. Wiktora Grzenię.
W Ogrodzie Saskim wszystkich mężczyzn, a wśród nich księdza Andrzeja Płoszaja, księdza Jana Zawadę i księdza Wiktora Grzenię „własowcy” z komanda śmierci, ustawili wraz z innymi w długi szereg. Ktoś z ocalałych mówił potem, że wtedy wysunął się nieco ksiądz Płoszaj, udzielił rozgrzeszenia księdzu Grzeni, a później odwrotnie, obaj udzielili rozgrzeszenia wszystkim innym w rzędzie i w tej chwili padły strzały. Ksiądz Grzenia zmarł szybko, ale ksiądz Płoszaj podobno męczył się dość długo.
Na terenie Ogrodu Saskiego, cytuję za M. Motyl, S. Rutkowski, Powstanie Warszawskie – rejestr miejsc i faktów zbrodni, "w czasie powstania warszawskiego miały miejsce liczne egzekucje; rozstrzelano tam m.in. blisko 30 chłopców i wychowawców z Zakładu Poprawczego księży Michalitów w Strudze".
Cudowne ocalenie
Ks. Jan Zawada, późniejszy generał michalitów, tak wspominał te dramatyczne chwile: „zdążyłem się odwrócić tyłem do strzelającego, usłyszałem strzał i poczułem ciemność w oczach, straciłem częściowo przytomność i poczułem krew płynącą mi po szyi. Po odzyskaniu świadomości, leżąc na ziemi, spostrzegł przechodzącego w pobliżu żołnierza niemieckiego, który zbliżył się do niego, poruszył go za nogę i spytał, czy żyje. Kiedy odpowiedział, że tak, usłyszał słowa: „to podziękuj Bogu za to, że żyjesz, a drugi raz podziękujesz Bogu, jak żywy stąd odejdziesz”.
Gdy żołnierz się oddalił, ks. Jan wyczekał na odpowiedni moment, wycofał się na łokciach w stronę płaczących kobiet, podniósł się i szybko do nich dołączył. Jedna z nich zawiązała mu chustę na głowę, inna zarzuciła mu szal na ramiona i w takim przebraniu, ciężko ranny przyłączył się do dużej grupy wychowanków i kobiet. Szli ulicami Warszawy, pośród palących się domów i odgłosów strzałów toczącej się w pobliżu walki. Towarzyszyło im ogromne poczucie lęku i obawy o życie. Doszli do Żelaznej Bramy i Hal Mirowskich, a później, podążając ulicą Chłodną, dotarli do dworca kolejowego na ulicy Młynarskiej. Tam załadowano ich do wagonów kolejowych i odwieziono do Pruszkowa, gdzie zostali osadzeni w powstałym obozie jenieckim.
Podczas dramatycznego pobytu w obozie pruszkowskim, rozstrzelano michalickich kleryków: Jana Brzozowskiego i Edwarda Kosztyłę oraz brata Józefa Ciska. W Powstaniu Warszawskim zaś, na barykadach, zginął kleryk Jan Furman.
Większość wychowanków Zakładu, wraz z ks. Janem Zawadą, siostrami skrytkami i wychowawcami, została wypuszczona z obozu w Pruszkowie 12 sierpnia 1944 r. i tego jeszcze dnia wojenni uchodźcy trafili do Młochowa. Tam znaleźli schronienie w majątku hrabiego Kurnatowskiego. W pałacyku myśliwskim przyjął ich inż. Jacek Januszewski. Najmłodszych wychowanków, ze względu na zbytnie przeludnienie pałacyku, przeniesiono do placówki wychowawczej w Pawlikowicach.
